Marcin Zdunik urodził się 5 grudnia 1987 roku. Ukończył podstawową szkołę muzyczną w Warszawie w klasie wiolonczeli pani Marii Walasek. W 2006 roku ukończył Ogólnokształcącą Szkołą Muzyczną II stopnia im. Z. Brzewskiego w Warszawie w klasie prof. Andrzeja Orkisza. Obecnie jest studentem Akademii Muzycznej im. F.Chopina w Warszawie w klasie Andrzeja Bauera.
Koncertuje w wielu krajach Europy, USA i Korei często prezentując własne opracowania i kompozycje. Wystąpił jako solista na estradach wielu renomowanych sal, m.in. Rudolfinum w Pradze, Carnegie Hall w Nowym Jorku, Konserwatorium im. P. Czajkowskiego w Moskwie, Teatr Ermitażu w Sankt-Petersburgu, Filharmonia Westfalska (Konzerthaus Dortmund), Filharmonia Słowacka w Bratysławie, Filharmonia Narodowa w Warszawie czy Studio S1 PR im.W.Lutosławskiego. Jest zapraszany do udziału w wielu prestiżowych festiwalach muzycznych, między innymi w festiwalu Muzyczny Olimp w Sankt-Petersburgu, Kammermusikfest Lockenhaus, Asiago Festival, Wartburg Festival, Musica Polonica Nova we Wrocławiu, Autunno Musicale i Lago Maggiore Musica we Włoszech, Meklenburg-Vorpommern Festival (Junge Elite), a także festiwalu muzyki kameralnej Wieczory w Arsenale.
Współpracuje ze znakomitymi zespołami, m.in. Prague Chamber Orchestra, St.Petersburg Camerata, Orkiestrą Kameralną Unii Europejskiej, Orkiestrą Symfoniczną Filharmonii Narodowej w Warszawie, Polską Orkiestrą Radiową, a także z wieloma wybitnymi muzykami, takimi jak Urszula Kryger, Krzysztof Jakowicz, Andrzej Bauer czy Julius Berger.
Przed dwoma laty nawiązał współpracę ze skrzypkiem Januszem Wawrowskim. Owocem tej współpracy był nowatorski projekt obejmujący skomponowanie przez Marcina Zdunika równorzędnego głosu wiolonczeli do Kaprysów Paganiniego.
Marcin Zdunik już jako uczeń był laureatem wielu konkursów młodzieżowych w Polsce i Austrii.
W roku 2005 zdobył III nagrodę w 40. Międzynarodowym Konkursie Instrumentalnym w Markneukirchen (Niemcy).
W 2007 roku został laureatem I nagrody w VI Międzynarodowym Konkursie Wiolonczelowym im. Witolda Lutosławskiego w Warszawie. W konkursie tym zdobył również Grand Prix za wybitne wykonanie Koncertu wiolonczelowego W.Lutosławskiego, dwie nagrody specjalne za najlepsze wykonanie Wariacji Sacherowskiej W.Lutosławskiego i Gigue na wiolonczelę solo P.Szymańskiego oraz 7 innych nagród.
W 2008 roku reprezentował Polskie Radio w Bratysławie na Międzynarodowym Forum Młodych Wykonawców organizowanym przez Europejską Unię Radiową (EBU) zwyciężając i zdobywając tytuł New Talent 2008.
Jest laureatem Tygodnia Talentów 2004 w Centrum Paderewskiego w Tarnowie, gdzie ponadto został wyróżniony przyznaniem stypendium stowarzyszenia Pro Arte im. Anny Knapik.
W roku 2006 został laureatem kursów mistrzowskich Uniwersytetu Mozarteum w Salzburgu. Jest stypendystą fundacji Pro Polonia Society i Mozart Gesellschaft Dortmund.
Otrzymał nagrodę Gwarancja Kultury 2009 przyznaną przez TVP Kultura.
W czerwcu 2009 roku ukazała się debiutancka płyta Marcina Zdunika zrealizowana z udziałem Orkiestry Kameralnej Wratislavia, pod kierownictwem Jana Staniendy, zawierająca m.in. nagrania dwóch koncertów wiolonczelowych J.Haydna. Za płytę tę otrzymał nagrodę Fryderyk 2010.
Marcin Zdunik dokonał wielu nagrań dla Polskiego Radia i Telewizji. M.in. w 2009 nagrał z Orkiestrą Kameralną Polskiego Radia AMADEUS koncert wiolonczelowy B-dur Michaela Haydna.
Brał udział w kursach mistrzowskich prowadzonych m.in. przez prof. Leonida Gorochowa, Michaela Flaksmana, Gary Hoffmana, Juliusa Bergera.
Był stypendystą Krajowego Funduszu na Rzecz Dzieci w latach 2000-2006. Czterokrotnie otrzymał stypendium artystyczne Ministra Kultury, a w roku 2007 Stypendium Młoda Polska.
Gra na wiolonczeli wykonanej przez Wojciecha Topę.