Родился 23 ноября 1933 года в г.Дембица. Обучался композиторскому мастерству у Ф.Сколышевского, а затем в Государственной высшей музыкальной школе у А.Малавского и С.Войтеховича. Является лауреатом многих национальных и заграничных премий, в частности, I, II и III премии на II Конкурсе молодых композиторов Союза композиторов Польши (1959г.), Государственной премии I степени (1968, 1983 гг.), Премии Союза польских композиторов (1970г.), Премии имени Хердера (1977г.), Премии имени Хонеггера (1978г.), Премии имени Сибелиуса (1983г.), Premio Lorenzo Magnifico (1985), Премии Фонда имени Карла Вольфа (1987г.), Премии Грэмми (1998, 1999, 2001), Премии Гравемайера (1992г.), Премии Международного музыкального совета ЮНЕСКО (1993г.), премии Best Living World Composer (2000), Премии принца Астурийского (2001г.).
Кшиштоф Пендерецкий является Почетным доктором нескольких десятков университетов, в частности, университетов в городах Рочестер, Бордо, Лёвен, Вашингтон, Белград, Мадрид, Познань, Варшава, Буэнос-Айрес, Глазго, Мюнстер, Сеул, Краков, а также почетным членом Королевской музыкальной академии в Лондоне, Музыкальной академии Святой Цецилии в Риме, Шведской Королевской музыкальной академии в Стокгольме, Берлинской академии художеств, Национальной художественной академии в Буэнос-Айресе, Международной академии искусств в Берне, Национальной академии наук, литературы и искусства в Бордо, Ирландской Королевской музыкальной академии в Дублине, Американской академии искусств и литературы. Был удостоен высоких государственных наград в Польше и за рубежом.
В 1973-1978гг. преподавал в Йельском университете в г.Нью-Хейвен, в 1972-1987гг. был ректором Музыкальной академии в Кракове, в 1987-1990гг. был артистическим директором Краковской филармонии. Является первым гостевым дирижером Оркестра Северогерманского радио в Гамбурге и Симфонического оркестра Среднегерманского радио в Лейпциге. С 1992г. по 2000г. был артистическим директором Фестиваля Касальса в Сан-Хуан (Пуэрто-Рико). В 1997 году стал артистическим директором оркестра Sinfonia Varsovia. С 1998 года является советником при Пекинском музыкальном фестивале, а с 2000 года – гостевым дирижером Китайского национального симфонического оркестра.
Дирижирует ведущими симфоническими оркестрами в США и Европе. Кроме собственных произведений, на счету дирижера – исполнение симфонических произведений, созданных в разных эпохах.
14 декабря 2005г. Профессор Кшиштоф Пендерецкий был удостоен наивысшей польской награды – Ордера Белого Орла. В сентябре 2007г. Петербургская консерватория имени Н.Римского-Корсакова признала ему титул Почетного Профессора. Таким образом Кшиштоф Пендерецкий присоединился к таким выдающимся музыкальным личностям, как Юрий Темирканов, Родион Щедрин, Галина Вишневская. В апреле 2008г. Профессор был удостоен Золотой медали Министра культуры Армении, получил Диплом Почетного профессора Государственной консерватории г.Еревань, а также был удостоен премии Орлы 2008 за наилучшую музыку к фильму «Катынь» Анджея Вайды. 5 мая 2008 года в Бремене имела место мировая премьера Концерта для горна с оркестром под руководством композитора и сольным выступлением Радована Влатковича, а 22 ноября во время юбилейного Фестиваля Кшиштофа Пендерецкого в Варшаве впервые был исполнен III Смычковый квартет композитора.
Творчество композитора охватывает более 100 произведений, в том числе, 16 композиций для камерного, а также сольного исполнения, 27 оркестровых произведений, 7 симфоний, 17 концертов для разных инструментов, 19 песен и хоровых произведений, 4 оперы, а также 18 кантат и ораторий. Кшиштоф Пендерецкий является автором музыки более, чем к 100 художественным и документальным фильмам, спектаклям для детей и взрослых.
В 2009 году Кшиштоф Пендерецкий был удостоен Ордена Заслуг Великого Герцогства Люксембургского, а также Почетного Ордена от Президента Республики Армения. В 2009 году композитор создал Кадиш по случаю 65 годовщины ликвидации гетто в польском городе Лодзь.
Кшиштоф Пендерецкий был приглашен в состав Почетного совета при Комитете по празднованию Года Шопена 2010, действующем в Посольствах Республики Польша в Лиссабоне, Токио и Риме. Новейшее произведение, созданное по заказу Национального Института Фредерика Шопена по случаю завершения Года Шопена – «Повеяло на меня морем снов – Песни грез и ностальгии» для сопрано, меццо-сопрано, баритона, хора и оркестра, имело свою премьеру в Варшаве 14 января 2011 года.
Премьера Двойного концерта для скрипки и альта, приуроченного к 200-летию венского Musikverein, в исполнении Янин Янсен и Юлиана Рахлина имела место в Musikverein 22 октября 2012 года. В январе 2013 года в Лейпциге была исполнена Missa Brevis, созданная по заказу Bach Archiv по случаю 800-летия хора St. Thomas из Лейпцига. Премьера новой версии оперы Дьяволы из Лудена имела место в Копенгагене 12 февраля 2013 года.
2013-ый год был для Кшиштофа Пендерецкого юбилейным. По случаю 80-летия Маэстро проходило множество концертов и фестивалей, на которых исполнялись произведения композитора: Санкт-Петербург, Вроцлав, Вильнюс, Львов, Краков, Kuhmo Chamber Music Festival, Festival Pablo Casals в Prades, Schleswig-Holstein Festival, Ohrid Festival, Marlboro Music Festival. Также проходили концерты в таких городах, как: Кошице, Берлин, Бонн, Ганновер, Равелло, Ассизи ((Emilia Romagna Festival), Будапешт, Минск, Прага, Пекин (Beijing Music Festival), Нью-Йорк, Бостон, Нью-Хейвен (Yale University School of Music), Сеул, Каракас, Ереван.
С 17 по 23 ноября в Варшаве проходил посвященный музыке Кшиштофа Пендерецкого фестиваль, на который прибыли величайшие артисты: Лорин Маазель, Шарль Дуто, Валерий Гергиев, Марек Яновски, Лоуренс Фостер, Лонг Ю, Леонард Слаткин, Александр Либрих, Рафаэль Пайяре, а также выдающиеся польские дирижеры: Яцек Каспшик, Кшиштоф Урбаньски и Габриэль Хмура. Из числа наиболее значимых солистов и музыкальных коллективов, исполняющих музыку Кшиштофа Пендерецкого, в фестивале приняли участие: Анн-Софи Муттер, Юрий Башмет, Даниэль Мюллер-Шотт, Shanghai Quartet и многие другие.
В феврале 2014 года в Израиле прошел цикл концертов Польский реквием в исполнении Израильского филармонического оркестра под руководством Кшиштофа Пендерецкого. В марте 2014 года Маэстро был композитором-резидентом в Curtis Institute of Music в Филадельфии.