Studiował kompozycję w klasie Leszka Wisłockiego w Akademii Muzycznej im. Karola Lipińskiego we Wrocławiu. Był jednym z inicjatorów powstania Studia Kompozycji Komputerowej na tej uczelni, na której obecnie wykłada m. in. realizację muzyki komputerowej.
Znalazł się w gronie stypendystów Fundacji Przyjaciół Warszawskiej Jesieni, Ministra Kultury i Dziedzictwa Narodowego, Experimentalstudio der Heinrich-Strobel-Stiftung des SWR we Fryburgu Bryzgowijskim oraz Fundacji im. Ernsta von Siemensa w Monachium. Jest laureatem wielu nagród, w tym Międzynarodowej Trybuny Muzyki Elektroakustycznej UNESCO Rzymie (2003) oraz Konkursu Wykonawstwa Muzyki Współczesnej „Gaudeamus” w Holandii (2005).
Cezary Duchnowski komponuje utwory kameralne i symfoniczne. Jest twórcą projektów multimedialnych w tym interaktywnej autorskiej opery do libretta Piotra Jaska pt. Ogród Marty. Jego muzyka wykonywana była m. in. przez takie zespoły, jak musikFabrik, Ensemble KNM Berlin, Court-circuit, London Sinfonietta, Deutsche Symphonie-Orchester, Ensemble Recherche, The Hilliard Ensamble, AuditivVokal Dresden, Narodowa Orkiestra Symfoniczna Polskiego Radia, Aukso, Orkiestra Muzyki Nowej na festiwalach w kraju i za granicą, np. podczas Warszawskiej Jesieni, Ultraschall (Berlin), Sacrum Profanum (Kraków), Synthèse (Bourges), Other Spaces (Moskwa), Sonic Exploration (Londyn), Wratislavia Cantans czy Musica Electronica Nova (Wrocław). Od wielu lat główne miejsce w jego działalności zajmuje twórczość elektroakustyczna. Tworzy wraz z Agatą Zubel duet ElettroVoce, realizując projekty na głos i elektronikę.
Jest wielkim orędownikiem muzyki improwizowanej. Chętnie współpracuje z muzykami jazzowymi, a także innymi artystami, których pasją jest kreowanie muzyki na żywo. Wraz z Pawłem Hendrichem i Sławomirem Kupczakiem powołał do życia grupę Phonos ek Mechanes. W ramach niej uprawia szczególny rodzaj elektronicznej muzyki improwizowanej – human-electronics, gdzie komputery kontrolowane są akustycznymi instrumentami.